این غار در فاصله 45 کیلومتری غرب شهرکرد (مرکزچهارمحال و بختیاری) و 10 کیلومتری غرب شهر فارسان و یک کیلومتری شمال روستای بیدگل قرار دارد.
این غار دارای دو طبقه میباشد که در ابتدا از دهانه به صورت یک دالان مستقیم تا انتهای یک چاه کاملاً عمودی پیش میرود و از اینجا با طی مسیری در حدود 6 الی 7 متر به صورت دست به سنگ، طبقه دوم قرار دارد. تالارهای غار ارتفاع زیادی ندارند و در میان غار دریاچه زیبایی وجود دارد.
غار آقا سید عیسی از نظر مذهبی حائز اهمیت بوده و وجود باقیماندههای شمع، دخیل، عکس امامان و دعاهای مختلف مؤید این مطلب میباشد.
وجه تسمیه این غار از نام یکی از علما و بزرگان این منطقه به نام آقا سید عیسی (معروف به سید صوفی) گرفته شده است. آقا سید عیسی صاحب حالات صوری و معنوی و دارای مرتبه کشف و کرامات بوده است. ایشان در علم جبر و اعداد نیز صاحب نام بوده است. ایشان در زمان ظلّ السلطان به شهادت رسید و در بورجان استان لرستان دفن شد.
جهت دسترسی آسان به دهانه غار، یک پلکان دستساز در ورودی غار ایجاد شده است. از نکات مهم که در پیمایش غار باید مدّنظر قرار گیرد، وجود گازهای سمّی درون غار است. وجود گازهای سمّی درون غار سبب مرگ خفاشهای درون غار میشود.
این غار در فصول بهار و تابستان محل گذران اوقات فراغت علاقمندان میباشد به همین جهت در اطراف دهانه غار چند آلاچیق و مکانهای برای اتراق احداث شده است.